Small RNA介绍
Small RNA ，长度在 18-30nt，主要包括 miRNA、 siRNA 和 piRNA。在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等生理过程中起着重要的作用。Small RNA 测序采用 Illumina 测序平台，研究某一物种特定组织在特定状态下的已知 Small RNA，也可发现新的物种或组织特异Small RNA并预测其靶基因，为研究 Small RNA 的功能及此物种的基因调控机制提供了有力工具，已广泛应用于动植物的研究和医学领域。
Small RNA测序方案设计
Small RNA 实验设计思路为差异比较，常见的类型为实验组与对照组（case VS control），进行两两比较；若考虑时空因素，如按照不同生长发育阶段或者疾病发生发展整个过程进行比较，即进行多重比较分析，然后对差异的miRNA 进行靶基因预测和富集分析。一组样品建议至少 6 个生物学重复。
一、RNA提取
二、3'和5'RNA接头连接
三、PCR扩增
四、文库定量
五、上机测序
六、数据质控
七、生信分析
Small RNA测序样本要求
动物RNA测序样品、动物细胞样本RNA测序样品、动物血液样品、植物RNA测序样品都有具体的样品要求。
藻类样品：收集新鲜藻类样本（无培养基残留），大于200mg。12000rpm离心，弃上清（无培养基残留），取样后液氮快速冷冻，-80℃冻存，干冰运输，不建议使用RNAlater。
Small RNA测序分析内容
Small RNA测序分析结果展示
共有 miRNA 和特有 miRNA 分析
miRNA 基因组分布
差异 miRNA 分析
差异 miRNA 分析
差异 miRNA 分析
Q：什么是小RNA测序？
A：Small RNA测序，研究某一物种特定组织在特定状态下的已知SmallRNA，也可发现新的或该物种的Small RNA并预测其靶基因，为研究Small RNA的功能及此物种的基因调控机制提供了有力工具。Small RNA主要包括微RNA（miRNA）、小干扰RNA（siRNA）、与piwi相互作用的RNA（piRNA）三类。
Q：对于没有参考基因组的物种，进行小RNA测序要进行靶基因预测如何操作？
A：建议客户做转录组测序，进行大规模转录本的发现，构建出目标物种的Unigene库，在此基础上进行小RNA测序，通过注释得到已知的小RNA和预测得到新的miRNA，通过与Unigene库中的基因进行比对，来进行靶基因的预测，最后完成靶基因的功能注释。
Q：5.2进行small RNA测序对于组织样品提取总RNA有什么特殊要求？
A： RNA纯化方法主要包括有机溶剂抽提+乙醇沉淀、硅胶膜离心柱等。由于硅胶膜离心柱只能富集200 nt以上的RNA分子，所以不适用于small RNA的分离纯化。有机溶剂抽提虽然能够较好的保留small RNA，但是后期的沉淀步骤非常繁琐。因此，如果要进行small RNA测序，提取总RNA时建议不要使用过柱试剂盒，也不要使用LiCl沉淀法，以免丢失小片段RNA。
Q：高通量测序研究Small RNA的优势？
A：Small RNA高通量测序主要优势有：
(1) 可以直接从核苷酸水平上研究Small RNA分子，不存在传统芯片杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题，利于区分相同家族以及序列相似的不同Small RNA分子；
(2) 可以对物种进行高通量分析，无需预先的序列信息以及二级结构信息；
(3) 灵敏度高，测序通量大，为Small RNA分子的发现和研究提供了数据深度与覆盖率，能够检测丰度低的稀有转录；
(4) 测序产生的原始数据可以与多种分析软件兼容，可以注释Small RNA的基因组信息，并分析其表达水平，能够使用Small RNA数据库注释已知的Small RNA，还可以进一步分析未匹配的数据，发现新的Small RNA种类及异构体，寻找更深入的研究信息。
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