简介:
对人类、小鼠等模式生物,可进行全外显子组测序。以人为例,在人基因中大约有 180,000 个外显子,占人类基因组的 1%,大约包含 85% 的致病突变。外显子测序只对基因组的 1% 进行测序,测序成本低,尤其适合高深度、大样本量的测序。适用于非染色体结构变异致病的罕见病的致病位点 / 基因的寻找、癌症研究、药物基因组学研究、大样本量全基因组关联分析等研究。
Hiseq2500平台:外显子产品数据均一性较好、单个碱基质量较高。适合低样品量、对数据均一性有要求或者需要指定分析软件的客户。
1. 丰富的外显子组测序及分析经验,拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台Illumina Nextseq 500、Illumina HiSeq 2500和Ion Proton,实验周期短。
2. 技术人员经验丰富,可以根据合作伙伴要求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果。
3. 拥有生物信息团队和完整的生物信息分析服务体系,除提供标准化生物信息服务外,还可以为合作伙伴提供个性化的生物信息分析服务。
4. 拥有标准的、实时更新的项目进展流程,有助于合作伙伴及时了解项目进展情况。
病种 | 期刊 | 影响因子 | 深度 | 时间 |
口腔鳞状细胞癌1 | Theranostics | 8.7119 | 120× | 2017 |
脊髓侧索硬化症2 | Nature Communication | 11.47 | 119.3× | 2016 |
肝内胆汁淤积3 | Nature Communication | 11.47 | 130× | 2016 |
癫痫4 | Epilepsy Currents | 5.625 | 412-668× | 2015 |
甲状腺非髓质瘤5 | New England Journal of Medicine | 55.873 | 76× | 2015 |
淋巴瘤6 | Nature Genetics | 22.352 | 134.9× | 2015 |
1、Su S C, Lin C W, Liu Y F, et al. Exome Sequencing of Oral Squamous Cell Carcinoma Reveals Molecular Subgroups and Novel Therapeutic Opportunities[J]. Theranostics, 2017, 7(5):1088-1099.
2、Williams K L, Topp S, Shu Y, et al. CCNF mutations in amyotrophic lateral sclerosis and frontotemporal dementia[J]. Nature Communications, 2016, 7:11253.
3、Gomez-Ospina N, Potter C J, Xiao R, et al. Mutations in the nuclear bile acid receptor FXR cause progressive familial intrahepatic cholestasis[J]. Nature Communications, 2016, 7:10713.
4、Lim J S, Kim W I, Kang H C, et al. Brain somatic mutations in MTOR cause focal cortical dysplasia type II leading to intractable epilepsy.[J]. Nature Medicine, 2015, 21(4):395.
5、Gara S K, Jia L, Merino M J, et al. Germline HABP2 Mutation Causing Familial Nonmedullary Thyroid Cancer.[J]. New England Journal of Medicine, 2015, 373(5):448-455.
6、Jiang L, Gu Z H, Yan Z X, et al. Exome sequencing identifies somatic mutations of DDX3X in natural killer/T-cell lymphoma[J]. Nature Genetics, 2015, 47(9):1061.
1. 基因组DNA:DNA浓度≥20 ng/μl,总量≥2μg; OD 260/280介于1.8-2.0之间,电泳检测无明显RNA条带,基因组条带清晰、完整。DNA无污染、无降解。
2. 血液样品:采集新鲜血液2-3ml于含有EDTA的抗凝管中(紫色盖子),封口处用封口膜密封,样品保存在-20℃冰箱,冰袋运输。
3.人类组织样本
3.1.新鲜组织:手术新鲜组织黄豆大小2-3个/穿刺组织长度至少1cm,2-3条,置于冷冻管内并于-80℃及以下保存(可保存一年),并于冷冻状态运输;
3.2.蜡块:2年以内标准程序制备的石蜡块,蜡块中组织体积大于1 cm3,室温储存及运输。
3.3.石蜡组织切片-白片:2年以内标准程序制备的石蜡组织切片,未染色的白片,厚度:5-10µm,表面积大于1cm2,10片及以上(如切片厚度或表面积达不到要求需按比例增加切片数量),室温储存及运输。
4. 样品保存期间切忌反复冻融。
分析内容及结果
聚类分析:两个不同阶段的肿瘤样本变异位点的聚类分析,横坐标代表不同的聚类群,纵坐标反应了等位基因的变异频率,图中标注的基因为驱动基因。上下两个图比较可看出肿瘤样本的不同阶段各个克隆群的变化情况。
蛋白互作网络分析 候选基因GO富集分析
变异可视化分析
肿瘤亚克隆结构与进化分析
染色体拷贝数分布及等位基因变异频率分析
染色体区域拷贝数变异分布
Q:外显子组测序需要多少的覆盖深度?
A:测序深度根据研究目的、样本量及客户的预期而定,建议有效测序深度100×以上,单基因遗传病推荐至少100×,肿瘤等体细胞突变疾病推荐200×以上。
Q:相对于芯片检测,外显子组测序有何优势?
A:相对于芯片检测,外显子组测序可以检测未知序列,考虑到引物的Tm值,芯片只能检测具有同一性的片段,并且无法检测低拷贝的序列,且背景噪音较大。相对于基因组测序,外显子组测序目标明确,数据量小。