CircRNA测序介绍

CircRNA（Circular RNA），是一类不具有 5' 末端帽子和 3' 末端 poly（A）尾巴、并以共价键形成稳定闭合环状结构的非编码 RNA 分子。 CircRNA 广泛存在于生物细胞中，对 miRNA 起重要的调控作用，进而调控基因表达。随着高通量测序技术的发展， CircRNA 在多种真核生物体内被大量鉴定出来，利用高通量测序技术，对生物样本中的CircRNA 进行鉴定、表达丰度检测及结构分析，是 RNA 领域的研究热点，推动更深入的基因表达研究。

CircRNA测序方案设计

CircRNA 实验设计思路为差异比较，常见的类型为实验组与对照组（case VS control），进行两两比较；若考虑时空因素，如按照不同生长发育阶段或者疾病发生发展整个过程进行比较，即进行多重比较分析，然后对差异的CircRNA 来源基因进行预测和富集分析。一组样品建议至少 6 个生物学重复。

技术路线

CircRNA测序样本为原样时：

CircRNA测序样本为RNA时：

总RNA浓度要求 —200ng/μl，建库总量要求—10μg。

CircRNA测序分析结果展示

CircRNA分析内容展示

CircRNA 来源基因 KEGG 富集图

组间共有特有差异基因可视化

Q：为什么CircRNA测序的研究比较热？
A：1）多角度阐述分子生物学问题的需要；
2）从新的角度发现导致样本存在差异的需要；
3）寻找影响疾病发生的分子标记；
4）探究circRNA的未知功能；

5）寻找导致microRNA表达发生变化的机理。

Q：CircRNA测序需要多少数据量？

A：推荐10G clean data/样本的数据量。

Q：CircRNA测序的条件？
A：1. 有参考基因组，并且有CircRNA注释信息；

2. 有相应的核糖体去除试剂盒。

Q：CircRNA有哪些特点？
A：1. 大多存在于细胞质中，且序列高度保守；
  2. 一般细胞或组织中，环状RNA较稳定，半衰期在48h，其他mRNA（线性）半衰期约为10h；血清中的外显子环状RNA不稳定，半衰期<15s。
  3. 不同细胞中表达的环状RNA可能不同；
  4. 同一个基因可能即产生线性mRNA，又可以转录成环状RNA;

5. 总量估计，外显子环状RNA（exonic ciRcRNA）的量约为polyA mRNA（线性mRNA）的1%；占非核糖体RNA的0.8%；

6. 大部分为ncRNA。