长链非编码 RNA（Long non-coding RNA, LncRNA）是长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA（不含 rRNA）。研究表明 , LncRNA 在剂量补偿效应、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中发挥重要作用，成为遗传学研究热点。通过 LncRNA 测序，可以快速获得与其生物学过程或者疾病相关的 LncRNA 表达变化，促进其深入研究。
LncRNA测序方案设计
LncRNA 实验设计思路为差异比较，常见的类型为实验组与对照组（case VS control），进行两两比较；若考虑时空因素，如按照不同生长发育阶段或者疾病发生发展整个过程进行比较，即进行多重比较分析，然后对差异的LncRNA 进行靶基因预测和富集分析。一组样品建议至少 6 个生物学重复。
技术路线
LncRNA测序分析内容
基因结构及表达图
GO 有向无环图
Q：哪些物种可以研究lncRNA？
A：要做lncRNA分析，对物种有以下要求：
a. 物种为真核生物；
b. 物种具有参考基因组；
c. 具有较为完整的注释。
Q：为什么lncRNA要测链特异性文库？
A：测序后的数据分析可确定转录本是来自正义还是反义DNA链。
与普通转录组测序相比，它更能准确地统计转录本的数量和确定基因的结构，
同时可以发现更多的反义转录本，可以更好地鉴定antisense lncRNA。
Q：lncRNA测序，构建文库时为什么要去除rRNA？
A：lncRNA中只有lincRNA的3’端带有polyA结构，其他lncRNA没有polyA结构。
因此，为了获得更全的lncRNA信息，不建议采用oligo(dT)磁珠富集的方式。
Q：什么是LncRNA测序？
A：LncRNA-长链非编码RNA（Long noncoding RNA）是一类长度超过200nt的RNA分子，它们少有蛋白编码潜能，
并且能够和DNA、RNA及蛋白质结合，以RNA的形式在多种层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）调控基因的表达水平。
LncRNA测序是研究已有参考基因组物种的特定组织或细胞在某个特定时期转录出的LncRNA和mRNA。
Q：LncRNA测序的条件
A：有参考基因组，并且有LncRNA注释信息：
常见的包括人、小鼠、大鼠、猪、牛、兔、斑马鱼、酵母、拟南芥、果蝇、秀丽线虫；
拟南芥、玉米、葡萄、金银花、水稻、西红柿、大豆。
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