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商品描述
动植物基因组从头测序简介
De novo测序，即从头测序，是指为了获得该物种完整的基因组序列图谱，构建不同长度的DNA片段文库进行序列测定，然后用生物信息学方法对片段进行拼接、组装和注释。基于PacBio三代测序平台拥有长读长、无GC偏好性等特点，能够覆盖基因组中的复杂和GC异常的区域。
应用领域
◇ 动植物基因组的从头组装
◇ 动植物基因组的优化与完善
赛恒优势
◇ 赛恒拥有PacBio Sequel及PacBio RSII单分子测序平台，提供测序服务；
◇ 提供个性化分析内容。
技术路线
送样要求
样本 | 样本要求 |
植物组织 | 嫩叶鲜重2g |
高等或大型动物 | 肌肉组织鲜重2g |
微体型动物 | 动物体累计鲜重2g |
昆虫 | 正常体型3g，微体型2g |
血液（抗凝） | 正常体型3g，微体型2g |
动植物基因组分析内容
序号 | 分析项目 |
1 | 下机数据统计 |
2 | 数据质控 |
3 | 数据获取 |
4 | Survey 分析 |
5 | 基因组拼装 |
6 | 基因组拼装效果评价 |
7 | 基因组拼装完整性与连续性评估 |
8 | 重复序列分析 |
9 | 非编码 RNA 预测 |
10 | 蛋白编码基因预测 |
11 | 蛋白编码基因的序列比对 |
12 | 蛋白编码基因的 GO 注释 |
13 | 蛋白编码基因的 eggNOG 注释 |
14 | 蛋白编码基因的 KEGG 注释 |
15 | 蛋白编码基因的 Swiss-Prot 注释 |
16 | 序列比对分析 |
17 | SNP 分析 |
18 | InDel 分析 |
19 | 种群统计学分析 |
20 | 基因家族分析 |
21 | Venn 绘制 |
22 | 单拷贝基因的蛋白序列一致性分析 |
23 | 基因家族扩张和收缩分析 |
24 | dNdS 分析 |
25 | 基于全基因组单拷贝基因的进化树重构 |
26 | 分歧时间估算 |
27 | 基因组数据上传 |
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