病毒（Virus）由一种核酸分子（DNA或RNA）与蛋白质（Protein）构成或由蛋白质构成（如 朊病毒）。根据遗传物质的组成，可分为单链 DNA 病毒（ssDNA）、双链 DNA 病毒（dsDNA）、单链 RNA 病毒（ssRNA）、双链 RNA 病毒（dsRNA）和蛋白质病毒（如朊病毒）。根据宿主类型的不同，可以分为噬菌体（细菌病毒）、植物病毒（烟草花叶病毒）和动物病毒（如禽流感病毒、天花病毒和HIV等）。
病毒全基因组测序（Virus Whole Genome Sequencing，VWGS），是指基于二代高通量测序技术，对病毒全基因组进行测序，利用生物信息分析手段，得到病毒的全基因组序列，解析编码信息，并获得相应的变异信息。
产品参数
产 品 | 文库插入片段大小（bp） | 测序平台及测序模式 | 测序深度 | 交付指标 | 项目周期 |
1 痕量单链RNA病毒测序 A | 300 ~ 500 | Illumina MiSeq，PE251 | ~100 × | 数据量 | 30 个自然日 |
痕量单链RNA病毒测序 B | 300 ~ 500 | Illumina HiSeq，PE150 | ~100 × | 数据量 | 40 个自然日 |
常规单链RNA病毒测序 A | 300 ~ 500 | Illumina MiSeq，PE251 | ~100 × | 数据量 | 30 个自然日 |
常规单链RNA病毒测序 B | 300 ~ 500 | Illumina HiSeq，PE150 | ~100 × | 数据量 | 40 个自然日 |
常规双链DNA病毒测序 A | 300 ~ 500 | Illumina MiSeq，PE251 | ~100 × | 数据量 | 30 个自然日 |
常规双链DNA病毒测序 B | 300 ~ 500 | Illumina HiSeq，PE150 | ~100 × | 数据量 | 40 个自然日 |
* 测序深度：推荐的测序深度指目标病毒基因组的测序深度，具体测序数据量计算参见“病毒基因组测序数据量估算”；
1 痕量病毒：指核酸量在10 ng~200 ng的病毒样品
技术路线
信息分析结果
序 号 | 分析项目 | 类 别 | 分 析 | 备 注 |
1 | 数据整理 | A | ||
2 | 数据质控 | A | ||
3 | 高质量数据获取 | A | ||
4 | 基因组序列拼装与分析 | A | ||
5 | 蛋白编码基因预测 | A | ||
6 | 非编码 RNA 预测 | A | ||
7 | 其他非编码 RNA 预测 | A | ||
8 | 蛋白编码基因的序列比对 | A | ||
9 | 蛋白编码基因的 GO 注释 | A | ||
10 | 蛋白编码基因的 eggNOG 注释 | A | ||
11 | 蛋白编码基因的 KEGG 注释 | A | ||
12 | 蛋白编码基因的 Swiss-Prot 注释 | A | ||
13 | 蛋白编码基因的 TrEMBL 注释 | C | ||
14 | 基因组序列拼接 | B | ||
15 | 基于 Mauve 的全基因组序列比对 | C | 参考基因组数量 ≥ 1 | |
16 | 基于 MUMmer 的全基因组序列比对 | C | 参考基因组数量 ≥ 1 | |
17 | 基因组数据上传 | C | 提供相关数据 |
A：框架图标准信息分析内容； A+B：完成图标准信息分析内容； C：信息分析内容。
分析结果展示
病毒基因组测序数据量估算
（测序数据量=病毒基因组大小×100）/ 病毒丰度
如病毒基因组大小为 16 kb，病毒 RNA 占总 RNA 的 0.01%，测序数据量为 16,000×100/0.01% = 16 Gb。
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