技术路线

1、样本要求：哪些样本可以进行空间转录组测序？

10x官方已测试的样本类型可以参考官网：

https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/tissue-optimization/doc/specifications-visium-spatial-gene-expression-optimized-tissues

2、空间转录组测序样本处理：

a. 样本截面大小应不超过 6.5mm X 6.5mm。如果样本过小（<3mm），可在冷冻包埋时将多个样本同时进行；

b.先冷冻后OCT包埋法或者OCT包埋和冷冻同时进行法。

分析内容：

分析结果展示：

Spot原始分析结果

点阵聚类分析

点阵区域细化

Marker基因表达分布和功能富集

Q：空间转录组测序和单细胞转录组测序一起进行的话，每个空转的样本都需要搭配这个样本的单细胞转录组吗？

A：这个按照老师的实验设计来。如果空转的样本来自四个病人，那么建议每个病人做一个单细胞。如果有几个空转的样本来自一个病人的同一个组织，可以这几个样本配一个单细胞。

Q：空间转录组的前期需要进行预透化，会不会预透化的时候找不到条件呢？

A：对于预透化，我们已针对很多个样本进行了测试。样本的透化时间，其实是一个比较长的时间范围，在那个范围内都可以达到很好的mRNA释放的效果。所以一般的组织经过预实验摸索基本都可以找到透化时间。

Q：空间转录组对于的组织大小有什么要求吗？

A：空间转录组Visium芯片的捕获面积为6.5mmX6.5mm，所以在选择样本前，首先确认好取材位置及合理的组织大小，可以保证Visium芯片的有效利用率。因此对于样本大小，和捕获区域比较合适，大于捕获区域面积的样本，可以考虑放在两个捕获区域。小于捕获区域面积的样本，很难做到一个区域放多个样本，只能试做。

Q：做空转的组织确定好了，组织准备保存方面有什么要注意的呢？

A：获取新鲜组织后，要对组织进行一定的处理：

1、先冷冻后包埋法：新鲜组织样本取下后要迅速用预冷的PBS溶液或生理盐水进行冲洗，去除组织表面残留，然后用干净的吸水纸吸干液体，用预冷的镊子将新鲜组织浸没在异戊烷，组织速冻 1min 或直至组织完全冷冻(实际冷冻时间取决于组织形态及大小)，一旦冷冻，将组织转移到一个预冷的 WHEATON CryoELITE 低温冷冻瓶中，并放置在干冰上。接下来冷冻组织可放置在-80℃下长期保存或立即进行下一步冷冻组织OCT包埋。

2、包埋和冷冻同时进行法：某些非常柔软的组织（比如胚胎等），失去液体的支撑就会改变其正常形态，对于这样的组织可采取冷冻和包埋同时进行的方法。没有异戊烷的条件下，可以采取包埋和冷冻同时进行的方法。