全转录组测序介绍
全转录组即特定细胞或组织在某一功能状态下转录产物 (mRNA、 LncRNA、 CircRNA 以及 microRNA) 的合集。全转录组测序可对同一个样品同时进行 mRNA、 LncRNA、 CircRNA 和 microRNA 的单独分析,还可进行多种 RNA联合分析以及内源竞争性 RNA 整合分析,分子标记筛选等,探究其潜在的调控网络机制,揭示转录调控问题。主要应用于免疫机制、疾病领域、发育进化、致病机理和药物靶标等方面的研究。
全转录组测序方案设计
全转录组是转录组测序的解决方案,对一份样品建两个文库,获取 4 种 RNA 的测序结果进行分别分析与联合分析,并对 LncRNA 与 CricRNA 这类具有 microRNA 结合位点的非编码 RNA 进行 ceRNA 分析,深度挖掘基因功能及调控机制,解析 RNA 分子间调控模式。每一组样品建议至少 6 个生物学重复。
ceRNA 作用对及共有 miRNA 热图展示
全转录组联合分析
蛋白互作网络图
组间共有特有差异基因可视化
Q:全转录组测序是怎么做的?
A:全转录组测序是将样品分为两份,构建2个文库,1个小RNA文库(包含miRNA)和一个去除核糖体的链特异性文库(包含mRNA,lncRNA,和circRNA),
然后分别上机测序,最后主要获得4类RNA——miRNA,lncRNA,mRNA,circRNA的序列信息。
Q:为什么要研究全转录组?
A:生物体中的RNA有不同的种类,这些RNA分子都是相互联系相互作用的。单一的mRNA或ncRNA研究已无法满足科研需求,
结合多种RNA信息进行整合分析,探索潜在的调控网络机制已成为阐释生物学问题的利器!