菌群组成谱全长测序研究
基于PacBio三代测序平台，能够读取群落微生态系统中微生物的rRNA基因/ITS全长序列，不受制于短序列的局限性，并确保全长序列的测序，从而在种甚至菌株等精细水平，解析菌群多样性和组成谱。
产品特色
l 深入获取微生物群落的精细组成信息；
l 预测微生物群落的潜在代谢功能，并指导后续宏基因组测序研究；
l 通过“全微生物组关联研究（Microbiome-Wide Association Studies，MWAS）”，鉴定与表型/组间差异相关的关键物种。
应用领域
l 微生物组与环境互作关系的研究；
l 微生物组与宿主共生关系的研究；
l 微生物组在临床医学和精准医疗领域的应用；
l 微生物组在发酵工艺、食品加工/检测等行业的应用。
赛恒优势
l 自动化、完善的DNA提取扩增体系和样本前处理流程；
l 赛恒拥有PacBio RSII和Sequel两种单分子实时测序平台，提供测序服务；
l Greengenes/Silva/HOMD/RDP/Unite/MaarjAM等多个物种注释数据库，优化物种的分类鉴定；
l 专家教授多方位支持，可按需个性化定制；
l 项目经验丰富，涵盖水样、活性污泥、土壤、排泄物、体液、组织等各类样本。
PacBio和Illumina平台对菌群16S rRNA基因测序结果的比较，并改善物种分类信息的不确定性。
赛恒菌群组成谱全长测序分析流程
送样要求
样本 | 样本要求 |
土壤类 | 500 mg |
排泄物类 | 固体500 mg，液体200 ml |
水样类 | 500 ml液体过滤的滤膜 |
组织 | 200 mg |
微生物基因组总DNA | 体积> 20 ml；浓度> 20 ng/ml |
送样原则：新鲜、足量，请提供三次实验所需用量。
特色分析内容举例
种水平的精细组成图
上图中，横坐标依据样本名排列，每一个柱形图代表一个样本，并以颜色区分各分类单元，纵坐标代表各分类单元的相对丰度，柱子越长，该分类单元在对应样本中的相对丰度越高。
组间差异显著的种水平分类单元的丰度分布小提琴图
上图中，横坐标为组间差异显著的种水平分类单元，纵坐标为各分类单元在各样本（组）内的序列量，以小提琴图结合箱线图的形式展示：其中，小提琴图可以直观地显示数据的分布特征，“小提琴”的“胖瘦”反映了样本数据分布的密度高低（宽度越宽，表明该序列量水平所对应的样本越多）；箱线图边框代表上下四分位数间距（Interquartile range，IQR），横线代表中位值，上下触须分别代表上下四分位以外的1.5倍IQR范围，符号“•”表示超过范围的极端值。
种水平关联网络分析图
上图中，各节点的圆圈代表种水平的各分类单元，以不同的颜色标识，节点之间的连接表明两个物种之间存在相关性，红线表明正相关，绿线表明负相关。通过某节点的连接越多，表明该物种与菌群中其它成员的关联越密切。
菌群代谢功能预测的KEGG直系同源基因簇（KO）丰度热图
上图中，样本先按照彼此之间功能类群丰度分布的相似度进行聚类，根据聚类结果横向依次排列。同理，功能类群也按照彼此在不同样本中分布的相似度进行聚类，根据聚类结果纵向依次排列。图中，红色代表在对应样本中丰度较高的功能类群，绿色代表丰度较低的功能类群。
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