以PacBio公司的RS II和Sequel测序系统为代表的第三代测序技术，通过SMRT单分子实时测序技术（Single molecule real-time sequencing），可以对DNA序列实现单分子级别的超长读长测序，因而能够轻易读取微生物的rRNA基因/ITS全长序列，不受制于短序列的局限性；其次，通过PacBio的环形一致性测序模式（Circular-consensus sequence，CCS），可以提高单碱基测序的准确率，远超二代测序的准确率，从而充分保障获得的rRNA基因/ITS全长序列。
产品特点
CCS测序模式基本原理
16S rRNA基因各V区的序列保守性并不一致，因而基于16S rRNA基因全长序列的三代测序，可以反映物种的种属信息。a图，以Salmonella属为代表，全长序列的种间差异达到97.4%，但V4区高度保守，二代测序结果将低估该物种的多样性；b图，某些物种在V4区的多样性可能高于其他V区，因而二代测序结果将高估相关物种的多样性。*
两种平台测序结果的精细比较，三代测序的结果降低了物种分类信息的不确定性。*
PacBio和Illumina平台对菌群16S rRNA基因测序结果的比较，三代测序的结果能提升种水平的物种检测准确性，并大幅改善物种分类信息的不确定性。
*Singer, E., Bushnell, B., Coleman-Derr, D., Bowman, B., Bowers, R.M., Levy, A., Gies, E.A., Cheng, J.-F., Copeland, A., Klenk, H.-P., et al. (2016). High-resolution phylogenetic microbial community profiling. ISME J 10, 2020-2032.
种水平的精细组成图
结合聚类分析的种水平菌群组成热图
组间差异显著的种水平分类单元的丰度分布小提琴图
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