线粒体&叶绿体基因组测序,是指采用利用二代/三代测序平台,对动植物线粒体和植物叶绿体进行高通量测序,通过高深度测序和生物信息分析,获得线粒体&叶绿体基因组的序列、编码基因、遗传进化等相关信息。
文库类型 | DNA浓度及总量要求 | DNA质量要求 |
PE文库 | 浓度>10ng/μg,总量>0.5μg,建议提供三次所需用量 | 主带清晰,无杂质 |
PCR-free文库 | 浓度>20ng/μg,总量>1μg,建议提供三次所需用量 | 主带清晰,无杂质 |
PacBio文库 | 浓度>20ng/μg,总量>20μg,建议提供三次所需用量 | DNA无降解,琼脂糖主带大于50kb OD:260/280=1.8-2.0,260/230=2.0-2.2 |
基因组圈图 系统发生树
变异位点分布 拷贝数变异分析
Q:针对动物线粒体基因组测序是否需要提供纯的线粒体基因组 DNA?
A:只需要提供全基因组总 DNA,不需要通过密度梯度离心等方法获得纯的线粒体DNA。
注意:每一种组织的线粒体 DNA 的含量不一样,取样时,尽量提供线粒体 DNA 含量丰富的组织或细胞,如肌肉组织。Q:如何从全基因组测序中获得线粒体 DNA?
A:一般来说,一个真核生物中包含M个线粒体细胞器,每一个线粒体细胞中包含N条线粒体基因组 DNA,核基因组数为 2,则线粒体基因组与核基因组的比例为 M*N:2。
采用生物信息学分析,将全基因组拼接结果中高覆盖度的序列提取出来,并与数据库进行比对分析,从而获得线粒体基因组 DNA。
Q:植物的线粒体/叶绿体叶绿体基因组测序工作怎么准备样品?
A:植物的线粒体/叶绿体基因组大小比较大,一般我们都建议采用Illumina+Pacbio 来进行测序,对样品的需求就比较高,需要老师提供富集的线粒体DNA。常用的富集方法:超高速离心富集、富集线粒体/叶绿体DNA试剂盒等。